أظهرت دراسات حديثة أهمية الختان في تقليل خطر الأصابة بفيروس الأيدز بنسبة النصف ، حيث بينت ذلك دراسة أجريت سنة 2006 في أفريقيا. وقد أقرت منظمة الصحة العالمية في مارس 2007 الختان رسميا كوسيلة للوقاية من مرض الايدز (. كما طالب خبراء صحة من جنوب إفريقيا في شهر حزيران 2007 بإعداد برنامج للختان الجماعي ، بعد أن أظهرت الدراسات أن الختان يقلص من معدل الإصابة بالفيروس المتسبب في الإيدز بنسبة 60 ٪. حيث أن الدعوة ركزت على المواليد الذكور الجدد في المستشفيات العامة في جنوب أفريقيا .
صدرت أكثر من 40 دراسة تؤكد ان ختان الذكور يوفر حمايه كبيرة ضد الاصابة بفيروس نقص المناعه ؛ ففرص إصابة الشخص المختون بالمرض أقل بمرتين إلى ثماني مرات من الشخص غير المختون. و علاوة على ذلك ، فان الختان يحمي أيضا ضد الأمراض الأخرى التي تنتقل بالاتصال الجنسي ، مثل الزهري والسيلان ، . و بالنظر إلى حقيقة أن المصابين بأمراض جنسية مختلفة لديهم إحتمال أعلى للإصابة بالإيدز يتراوح من مثلي إلى خمس امثال إحتمال الإصابة بفيروس نقص المناعه فهذا يعني أن الشخص الذي أجرى الختان سيتمتع بحماية أعلى. أحد | أكثر الأدلة الطبية اثارة يأتي من دراسة جديدة أجريت في اوغندا للأزواج الذين كانت زوجاتهم مصابات يالإيدز ، بينماالأزواج لم يكونوا كذلك. . من هؤلاء الرجال كان خمسون شخصا مختونا و 137 غير مختونين ، على مدى 30 شهرا لم يصب أي من الأزواج المختونين ، في حين أن 40 من الرجال غير المختونين اصيبوا خلال هذا الوقت. أظهرت الدراسة أن استخدام الواقي الذكري لم يؤثر على نسبة انتقال فيروس نقص المناعه.